Flera passagerare fördes med helikoptrar till sjukhus från kraschplatsen nära den västra tjeckiska byn Milavce, uppger den regionala räddningstjänsten. Femtio personer fick lättare skador som inte krävde omedelbar behandling.
En polisens taleskvinna sa att tre personer dödats. Hon kunde inte bekräfta lokala medierapporter om att de döda inkluderade förarna på de två tågen och en passagerare.
“Ex 351 gick igenom en signal som indikerar Stop … och kolliderade med ett persontåg”, sa transportminister Karel Havlicek på Twitter med hänvisning till snabbtåget.
Tågen kolliderade strax efter klockan 8 på morgonen nära Milavce, 140 km (85 miles) sydväst om huvudstaden Prag.
Snabbtåget träffade ett lokaltåg som reser från Plzen till Domazlice, säger en talesman för Ceske Drahy (tjeckiska järnvägar) som driver båda tågen. Han sa att de två tågförarna båda var tjeckiska.
En fotograf från Reuters beskrev den krossade förarhytten i expresstågets lokomotiv och den förstörda fronten på lokaltåget. Båda tågen förblev upprätt på eller nära spåren.