Mboma och Masilingi har valt fyra av de fem bästa 400 meter i världen i år, enligt World Athletics webbplats.
De förhöjda testosteronnivåerna upptäcktes under medicinska bedömningar som krävs av World Athletics.
Det globala styrande organet kräver att kvinnliga idrottares testosteronnivåer i blodet är under 5 nmol / l (nanomol per liter) för att tävla i utvalda kvinnotävlingar, inklusive 400 meter.
De två 18-åriga idrottarna ansågs vara icke-stödberättigade på grund av World Athletics politik för idrottare med skillnader i könsutveckling (DSD).
World Athletics förbjöd idrottare som har förhöjda testosteronnivåerna i blod från att tävla i damlopp från 400 meter till en mil på distans i internationell tävling när de införde nya DSD-regler 2018.
För att kunna tävla måste dessa idrottare sänka sina testosteronnivåer med medicinering, vilket World Athletics säger garanterar rättvis konkurrens.
Mboma och Masilingi testades i Italien, där de tränar, enligt NNOC-CGA: s uttalande.
Kommittén sa att varken de 18-åriga idrottarna eller deras familjer, tränare eller Namibias nationella olympiska kommitté var medvetna om deras tillstånd.
Kommittén sa att Mboma och Masilingi fortfarande kommer att kunna tävla i 100 och 200 meter.
Gruppen säger också att den är i nära kontakt med World Athletics om att bana väg för de två idrottarna.
“Vi kommer att analysera all information och tillämpa den i de två unga flickornas bästa”, heter det i uttalandet.
“Vi är positiva till deras framtid som elitidrottare.”