Mboma och Masilingi har valt fyra av de fem bästa 400 meter i världen i år, enligt World Athletics webbplats.
De förhöjda testosteronnivåerna upptäcktes under medicinska bedömningar som krävs av World Athletics.
Det globala styrande organet kräver att kvinnliga idrottares testosteronnivåer i blodet är under 5 nmol / l (nanomol per liter) för att tävla i utvalda kvinnotävlingar, inklusive 400 meter.
De två 18-åriga idrottarna ansågs vara icke-stödberättigade på grund av World Athletics politik för idrottare med skillnader i könsutveckling (DSD).
World Athletics förbjöd idrottare som har förhöjda testosteronnivåerna i blod från att tävla i damlopp från 400 meter till en mil på distans i internationell tävling när de införde nya DSD-regler 2018.
För att kunna tävla måste dessa idrottare sänka sina testosteronnivåer med medicinering, vilket World Athletics säger garanterar rättvis konkurrens.
År 2019 kom Court of Arbitration for Sport upprätthöll World Athletics DSD-regler när de utmanades av sydafrikanska löpare Caster Semenya. Hon förlorade ett efterföljande överklagande och tog i februari sitt ärende till Europeiska domstolen för mänskliga rättigheter.
Mboma och Masilingi testades i Italien, där de tränar, enligt NNOC-CGA: s uttalande.
Kommittén sa att varken de 18-åriga idrottarna eller deras familjer, tränare eller Namibias nationella olympiska kommitté var medvetna om deras tillstånd.
Kommittén sa att Mboma och Masilingi fortfarande kommer att kunna tävla i 100 och 200 meter.
Gruppen säger också att den är i nära kontakt med World Athletics om att bana väg för de två idrottarna.
“Vi kommer att analysera all information och tillämpa den i de två unga flickornas bästa”, heter det i uttalandet.
“Vi är positiva till deras framtid som elitidrottare.”